Завдяки вигідному стратегічному положенню Хотин відіграв значну роль в історії України, Молдовського князівства, Речі Посполитої, Османської імперії та Російської імперії.
Спочатку це була невелика, збудована східними слов’янами на місці давнього поселення дерев’яна фортеця, яка захищала їх від численних завойовників.
З X століття входив до складу Русі, згодом — Галицько-Волинського князівства.
З кінця ХІІ століття на півдні Галицького князівства Галицько-Волинської держави починає формуватись земля з напів-автономним статусом. В 1349 році Королівство Польське захопило Галицьке князівство.
Від 1373 року Хотин увійшов до складу Молдови.
Упродовж XV—XVI століть Хотинська фортеця була столицею Мультан, резиденцією молдовських господарів.
У XVI столітті деякий час перебував під владою Польщі, потім знову Молдовського князівства (у васальній залежності від османів), у XVIII столітті Хотинська округа була безпосередньо включена до складу Османської імперії.
1615 року війська Речі Посполитої зайняли Хотин. Після Цецорської битви 1620 року між Річчю Посполитою та Османською імперією, в ході якої війська Речі Посполитої були розбиті, а великий коронний гетьман Станіслав Жолкевський загинув, Хотин став головним форпостом оборони від османської навали.
Під час визвольної війни 1650—1653 років у Хотині перебували війська Богдана Хмельницького.
11 листопада 1673 р. коронний гетьман Ян III Собеський на чолі 30-тисячного війська Речі Посполитої вщент розгромив у Хотині 40-тисячну османську армію. Вирішальним моментом Хотинської битви 1673 стала атака гусарів воєводи Яблоновського. Від загибелі і полону врятувалось лише декілька тисяч османів. Тільки на початку XVIII століття османи змогли закріпитися в Хотині і в фортеці.
1739 року московські війська вступають в Хотин після перемоги над османами у битві під Ставчанами.
1769—1787 рр. російська імператорська армія знову штурмувала Хотинську фортецю.
Після російсько-турецької війни 1806—1812 рр. Хотин було анексовано Росією, після чого він став повітовим центром Бессарабської губернії. Відступаючи, османи майже повністю знищили місто.
1918 року на прикордонну Хотинщину претендувало 6 держав: Біла Росія, Російська Соціалістична Федеративна Радянська Республіка, Українcька Держава, Молдовська народна республіка, Австро-Угорщина і Румунія. 10 листопада 1918 року Хотин окупували війська королівської Румунії. Почалися репресії та терор. Але хотинчани не покорилися новим заґарбникам. У січні 1919 року спалахнуло антирумунське повстання.
Хотин упродовж 22 років був повітовим центром Румунії.
Під час Другої світової війни Хотин був під румунською окупацією (6 липня 1941 р. — 4 квітня 1944 р.), пізніше – у складі УРСР.
Від 1991 року Хотин — у складі незалежної України, є значним економічним і туристичним осередком держави.
